主持完成国家973计划项目、国家科技支撑计划项目课题、国家自然科学基金项目、中国科学院知识创新工程重点项目等30余项。近几年的主要有：

[1] 国家自然科学基金重点项目:中亚天山地区的水循环机理与未来趋势研究，2020.01-2023.12，经费：251万元；

[2] 国家自然科学基金重点项目:天山地区水资源变化的主导因素与机制分析，2017.01-2021.12，经费：295万元； 

[3] 国家自然科学基金重点项目:荒漠河岸植被水分利用策略及其对干旱胁迫的适应机制，2011.01-2014.12，经费：268万元；

[4] 国家自然科学基金面上项目:干旱区内陆河流域径流组分构成及水循环机理，2015.01-2018.12，经费：98万元；

[5] 中科院战略性先导科技专项:一带一路典型区资源利用与与开发潜力评估，2018.01-2022.12，经费：965万元；

[6] 中科院战略性先导科技专项:塔里木河五源流与干流的水力联系及连通性研究，2018.01-2022.12，经费：515万元；

[7] 中国科学院重点部署项目:丝路经济带水资源精准评估与绿色发展应对策略，2019.01-2021.12，经费：980万元；

[8] 国家科技支撑计划课题:塔里木河下游退化生态系统恢复重建技术研发与示范，2014.01-2017.12，经费：369万元；

[9] 国家科技支撑计划项目:新疆伊犁河流域水土资源可持续开发利用研究与示范，2007.01-2010.12，经费：1935万元；

[10] 国家重大基础研究计划973项目：气候变化对西北干旱区水循环影响机理研究，2010.01-2014.12，经费：2741万元。