中国科学院中亚生态与环境研究中心是中国科学院“发展中国家科教合作拓展工程”2013年启动建设的5个海外科教基地之一，中心依托中科院新疆生态与地理研究所筹建，由中科院青藏所、地环所、寒旱所、地理所、南湖所、遥感所、深先院和国科大等9个理事单位共建。
中心面向上海合作组织和丝绸之路经济带建设对科技合作的战略需求，组建以中亚资源、生态与环境科学为主的研究中心和海外分中心，开展我国与中亚地区自然资源可持续开发和环境保护科学技术联合研究，重点围绕气候与环境演变、矿产资源与水土资源、现代农业与生物资源、地缘经济和区域发展、生态修复与环境治理、交通物流与信息技术等方面的互惠合作研究，培养国内外长期开展中亚区域科技合作的专业研究队伍，建立具备野外实验观测、室内基础实验分析、卫星遥感监测和技术试验示范四位一体的生态与环境研究平台，为上合组织以及丝绸之路经济带建设中的资源与环境发展战略实施提供科技支撑和基础平台。
中心下设阿拉木图、比什凯克和杜尚别3个海外分中心，分别由信息分中心、联合实验室、野外观测与研究站和农业技术试验示范基地4部分组成。根据不同地区的典型景观特征，分别在哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦、乌兹别克斯坦、蒙古、伊朗等国建立了高原、山地、林地、荒漠、绿洲、农田、湿地、草原等生态系统野外观测与研究站17个。
在中心平台下成立了中亚生态系统、水资源与水循环、构造变形及环境变化、气候演变、污染治理、可持续发展和生物多样性等7个研究团队，承担国家国际科技合作项目、973课题、国家自然科学基金等多项研究项目，科研人员中包含国外聘用专家12人。
中心下设办公室、数据中心、研究部、平台中心
办公室主任：乔建芳
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